由于在北斗任务中承担了系统时间溯源、GNSS时差监测、时间频率体系及原子钟研制等多项关键技术攻关任务，在北斗系统的建设和发展中发挥了重要支撑作用，中科院国家授时中心成为本次国家科技进步特等奖获奖单位。
北斗二号卫星工程卫星系统总设计师杨慧认为，星载原子钟是北斗卫星导航系统的核心技术，但该技术之前仅为少数西方国家所掌握，在我国属技术空白，能否突破关乎北斗系统建设的成败。中国只能凭借自己的力量实现国产化。为此中科院武汉物理与数学研究所的研究人员对星载铷原子钟一系列关键技术开展攻关，对原子钟精度、小型化、寿命、可靠性和卫星环境适应性的研究取得系统化成果。他们所研制的星载铷钟产品，性能指标与美国GPS系统的同期技术相当，居国内领先、国际先进水平，批量用于北斗卫星，为北斗系统如期建成和运行服务发挥了关键作用。该成果使我国星载原子钟技术实现了从无到有的跨越，打破了国外的技术垄断，突破了北斗系统工程的技术瓶颈，对提升我国原子钟和空间技术水平起到重要作用。由于在星载原子钟方面的贡献，武汉物数所也成为本次国家科技进步特等奖获奖单位，团队负责人梅刚华成为获奖个人。
北斗二号卫星工程总设计师助理郭树人认为，工程实现了国际卫星导航领域和我国航天领域的多个首创，“北斗二号卫星导航系统取得了‘四个第一’。一是国际上第一个多功能融为一体的区域卫星导航系统，二是我国第一个与国际先进系统同台竞技的航天系统，三是我国第一个面向大众和国际用户服务的空间信息基础设施，四是我国第一个复杂星座组网的航天系统。”
北斗二号卫星工程原副总设计师、北斗系统高级顾问李祖洪说，“国产化是北斗卫星导航系统的一大闪光点。我们北斗就是要打这张‘中华牌’。”“北斗二号建设运行的12年来，我们团队付出了很多，这次能够获得国家科技进步特等奖，是国家对我们过去工作的一种肯定。这个荣誉也会激励着北斗团队继续努力，把北斗三号建好，通过弯道超车，实现国际领先。”
2016年度国家科学技术奖励大会于2017年1月9日在人民大会堂隆重召开,党和国家领导人出席大会并为2016年度国家科学技术奖获奖代表颁奖。北斗二号卫星工程荣获2016年度国家科技进步特等奖。
